報關工作的全部程序分為申報、查驗、放行三個階段。
（一）進出口貨物的申報 進出口貨物的收、發(fā)貨人或者他們的代理人，在貨物進出口時，應在海關規(guī)定的期限內，按海關規(guī)定的格式填寫進出口貨物報關單，隨附有關的貨運、商業(yè)單據(jù)，同時提供批準貨物進出口的證件，向海關申報。報關的主要單證有以下幾種： 進貨物報關單。一般填寫一式二份（北京海關要求報關單份數(shù)為三份）。報關單填報項目要準確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆；報關單內各欄目，凡海關規(guī)定有統(tǒng)計代號的，以及稅則號列及稅率一項，由報關員用紅筆填寫；每份報關單限填報四項貨物；如發(fā)現(xiàn)情況有無或其他情況需變更填報內容的，應主動、及時向海關遞交更改單。 出口貨物報關單。一般填寫一式兩份（北京海關要求三份）。填單要求與進口貨物報關單基本相同。如因填報有誤或需變更填報內容而未主動、及時更改的，出口報關后發(fā)生退關情況，報關單位應在三天內向海關辦理更正手續(xù)。 隨報關單交驗的貨運、商業(yè)單據(jù)。任何進出口貨物通過海關，都必須在向海關遞交以填好的報關單的同時，交驗有關的貨運和商業(yè)單據(jù)，接受海關審核諸種單證是否一致，并由海關審核后加蓋印章，作為提取或發(fā)運貨物的憑證。隨報關單同時交驗的貨運和商業(yè)單據(jù)有：海運進口提貨單；海運出口裝貨單（需報關單位蓋章）；陸、空運運單；貨物的發(fā)票(其份數(shù)比報關單少一份，需報關單位蓋章等）；貨物的裝箱單（其份數(shù)與發(fā)票相等，需報關單位蓋章）等。需要說明的是如海關認為必要，報關單位還應交驗貿易合同、定貨卡片、產地證明等。另外，按規(guī)定享受減、免稅或免驗的貨物，應在向海關申請并已辦妥手續(xù)后，隨報關單交驗有關證明文件。 進（出）口貨物許可證。進出口貨物許可證制度，是對進出口貿易進行管理的一種行政保護手段。我國與世界上大多數(shù)國家一樣，也采用這一制度對進出口貨物、物品實行全面管理。必須向海關交驗進出口貨物許可證的商品并不固定，而是由國家主管部門隨時調整公布。凡按國家規(guī)定應申領進出口貨物許可證的商品，報關時都必須交驗由對外貿易管理部門簽發(fā)的進出口貨物許可證，并經海關查驗合格無誤后始能放行。但對外經濟貿易合作部所屬的進出口公司、經國務院批準經營進出口業(yè)務的個部位所屬的工貿公司、個省（直轄市、自治區(qū)）所屬的進出口公司，在批準的經營范圍內進出口商品，視為以取得許可，免領進出口貨物許可證，只憑報關單即可向海關申報；只有在經營進出口經營范圍以外的商品時才需要交驗許可證。 商檢證書。海關指示報關單位出具商檢證書，一方面是監(jiān)督法定檢驗商品是否已經接受法定的商檢機構檢驗；另一方面是取得進出口商品征稅、免稅、減稅的依據(jù)。根據(jù)《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構實施檢驗的進出口商品種類表》規(guī)定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應在報關前向商品檢驗機構報驗。報關時，對進口商品，海關憑商檢機構簽發(fā)的檢驗證書或在進口
貨物報關單上加蓋的印章驗收。 除上述單證外，對國家規(guī)定的其他進出口管制貨物，報關單位也必須向海關提交由國家主管部門簽發(fā)的特定的進出口貨物批準單證，由海關查驗合格無誤后再予以放行。諸如食品衛(wèi)生檢驗，藥品檢驗，動植物檢疫，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進出口音像制品的管理等均屬此列。
（二）進出口貨物的查驗 進出口貨物，除海關總署特準查驗的以外，都應接受海關查驗。查驗的目的是核對報關單證所報內容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。 海關查驗貨物，應在海關規(guī)定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經海關同意，海關可以派人員在規(guī)定的時間和場所以外查詢。申請人應提供往返交通工具和住宿并支付費用。
海關查驗貨物時，要求貨物的收、發(fā)貨人或其代理人必須到場，并按海關的要求負責辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣、貨物保管人應當?shù)綀鲎鳛橐娮C人。 查驗貨物時，由于海關關員責任造成被查貨物損壞的，海關應按規(guī)定賠償當事人的直接經濟損失。賠償辦法：由海關關員如實填寫《中華人民共和國海關查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關員和當事人雙方簽字，各流一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費用（必要時，可憑公證機構出具的鑒定證明確定），以海關審定的完稅價格為基數(shù)，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關填發(fā)《中華人民共和國海關損壞貨物、物品賠償通知單》，當事人自收到《通知單》之日起，三個月內憑單向海關領取賠款或將銀行帳號通知海關劃撥，逾期海關不再賠償。賠款一律用人民幣支付。
（三）進出口貨物的放行 海關對進出口貨物的報關，經過審核報關單據(jù)、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續(xù)或減免稅手續(xù)后，在有關單據(jù)上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關對進出口貨物的監(jiān)管才算結束。 另外，進出口貨物因各種原因需海關特殊處理的，可向海關申請擔保放行。海關對擔保的范圍和方式均有明確的規(guī)定。